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Dal 1574, anno in cui la pala d’altare di Giovan Battista Clarici chiuse la bifora dell’abside, la chiesa di San Francesco venne arricchita da numerosi altari addossati alle pareti laterali della navata.
Molte delle tele rimosse durante i restauri di inizio Novecento, così come il tabernacolo del cinquecentesco altar maggiore, sono ora ospitate in questa sezione del museo.
Artisti quali Claudio Ridolfi e Giovan Francesco Guerrieri prestarono la loro opera per i Gasparini, i Colombi, i Fadossi e gli Stefani, identificandoli coi loro ritratti o stemmi.
Altre tele originariamente in San Francesco sono ora conservate in altre sezioni del museo o in chiese mercatellesi, come nel caso del San Diego di Felice Damiani, posto nell’altare laterale sinistro di Santa Chiara.
L’iconografia delle pale riprendeva spesso quella degli affreschi che gli altari andavano a ricoprire, come per i due dipinti dell’Incoronazione della Vergine (uno di spalle all’altro al centro della sala). La versione più antica è un affresco staccato dalla parete dietro il timpano dell’arco trionfale quattrocentesco della chiesa.