La chiesa di San Francesco fu destinata ad accogliere opere provenienti dalla città e dal suo territorio fin dal 1926, anno in cui terminarono i restauri che la riportarono all’originaria semplicità francescana.
La prima Pinacoteca venne allestita in questo ambiente nel 1977, quando le tele rimosse dalla chiesa furono collocate ove era la sacrestia, della quale rimane testimonianza solo nell’anfora trecentesca ritrovata nei primi anni 2000 al di sotto della pavimentazione ed ora collocata nella teca centrale.
Il graduale accrescimento delle collezioni portò, tra 2005 e 2013, all’istituzione del Museo di San Francesco e all’ampliamento degli spazi espositivi che ora occupano gran parte dell’ex-convento francescano.