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La chiesa di San Francesco, in linea con gli ideali del Santo titolare, è un edificio semplice, costituito da una sola navata con copertura lignea a capriate.
Solo l’abside è arricchita da una volta a crociera affrescata e ornata da un arco trionfale tardo gotico.
Nella seconda metà del 1300 le pareti mettevano in mostra un imponente ciclo pittorico del quale rimangono solo piccoli frammenti. Tale decorazione, inquadrata da cornici con motivi geometrici, si estendeva all’intera superficie perimetrale, dal pavimento all’imposta della copertura. La qualità degli affreschi è evidente nel frammento sulla parete sinistra, raffigurante Santa Chiara.
L’intera decorazione venne cancellata nel Quattrocento, probabilmente anche a causa dei danni provocati dal terremoto del 1389, con l’erezione di altari laterali e la realizzazione di nicchie affrescate riscoperte durante i restauri di inizio Novecento.
Le finestre trilobe che si susseguono alle pareti sono chiuse da vetrate realizzate nel 1912 dal parigino Mossmeyer grazie ai privati che le finanziarono, ricordati negli stemmi in queste inseriti. Si distinguono quelli delle più nobili famiglie mercatellesi che nei secoli hanno sempre dimostrato grande attenzione al tempio francescano, arricchendolo di altari ed opere d’arte e scegliendolo come luogo per il loro riposo eterno, come testimoniano i monumenti funerari in controfacciata.
